בישוב חנתון (קיבוץ + הרחבה) פועלת מערכת חינוך עצמאית לגילאי 0-6 המנוהלת ע"י הישוב (בסיוע מוא"ז עמק יזרעאל) ומלווה ע"י רשת החינוך של תל"י (תגבור לימודי יהדות).
ילדי היישוב לומדים בבית ספר השונים:
- בית ספר יסודי "יחד" בגבעת אלה.
- בית ספר ממלכתי דתי "נתיב" בהושעיה (עד כיתה ח').
- תיכון "ויצו" נהלל.
- בית ספר "הרדוף" א-י"ב.